1914年11月，同濟醫工學堂首設土木科。

國立同濟大學成立工學院，土木科改為土木工程系。

在工學院下成立高等測量系。

院系調整后，土木相關學科設有結構系、測量系、鐵路公路系（后于1953年拆分為公路系和鐵路系）。

1958年，結構系改為建筑工程系、
1958年，道路與橋梁工程系與鐵路系合并為鐵路、公路及橋梁工程系，后于1973年改為公路與橋梁工程系
1959年，測量專業與水工系合并成立測量地質地基系，后于1964年改為地下工程系
1960年，成立工程結構研究所。

建筑工程系改稱土建結構系。

1982年，土建結構系改為結構工程系；
1982年，公路與橋梁工程系改為道路與交通工程系，其橋梁專業并入結構工程系；
1982年，地下工程系改為工程地質與水文地質系，后于1986年改為地下建筑與工程系。

1987年7月成立結構工程學院，下設建筑工程系、土建結構工程系、橋梁工程系和工程結構研究所。1988年成立土木工程防災國家重點實驗室。

1997年9月成立土木工程學院。目前學院下設有建筑工程系、地下建筑與工程系、橋梁工程系、結構工程與防災研究所、水利工程系（2006年成立）。土木工程防災國家重點實驗室掛靠土木工程學院。